Nel 1993 la Società statunitense di allergologia ha proposto una classificazione delle possibili reazioni avverse al cibo: 
allergie alimentari, come l’orticaria, che si manifesta come reazione immediata se si mangiano alimenti contenenti sostanze allergizzanti; si tratta di una reazione immunitaria nella quale si producono anticorpi (immunoglobuline E);
pseudo-allergie: in realtà deficit enzimatici, cioè assenze di enzimi che permettono l’assorbimento di una alimento; l’intolleranza al lattosio, causata dall’assenza dell’enzima lattasi, è la forma più comune; anche il favismo, rientra in questa categoria; la celiachia è un’intolleranza ad alcune componenti proteiche di alcuni cereali;
ipersensibilità come reazione a sostanze presenti negli alimenti che rilasciano istamina (cioccolato, formaggi fermentati);
reazioni tossiche agli alimenti, come gli avvelenamenti da funghi o il botulismo;
intolleranze o allergie alimentari croniche, reazioni non immediate ad alimenti come latte, grano, olive, uova, caffè, alcuni vegetali come i pomodori.  
Attualmente non esiste una causa dimostrata è da tutti accettata sulla natura delle intolleranze alimentari. Esistono numerosi test che permetterebbero di rilevare le intolleranze alimentari, ma nessuno di essi ha ricevuto al momento evidenze sperimentali tali da essere ritenuto affidabile. Una parte della medicina, che si definisce  medicina olistica, ritiene che tutta una serie di disturbi  come mal di testa, sonnolenza, debolezza, ritenzione idrica, diarrea, possano essere ricondotti alle intolleranze alimentari; si tratterebbe – dicono - di una alterata risposta del sistema immunitario ad alcuni costituenti degli alimenti, che porterebbero ad una reazione ritardata con sintomi che possono presentarsi anche 72 ore dopo l’assunzione dell’alimento – e senza la produzione di immunoglobuline, come avviene per le allergie.

L'esistenza e, soprattutto, la reale entità delle intolleranze alimentari rimane un problema aperto. In questi anni, tuttavia, il fenomeno delle intolleranze e delle allergie alimentari sembra essere diventato una specie di “gallina dalle uova d’oro”; negli Stati Uniti solo il 4% della popolazione presenta effettivamente allergie ad alcuni alimenti, ma la percezione del fenomeno è quasi 10 volte maggiore; questo significa avere un mercato potenziale di quasi 100 milioni di “malati immaginari” che peggiorano inutilmente il proprio regime alimentare, senza alcun beneficio.